Чтобы детально разобраться в вопросе ИС МП и настроить учет без ошибок, изучите подробную статью тут
https://www.cleverence.ru/articles/bukhgalteriya/gis-mt-i-is-mp-v-chem-raznitsa-kak-integrirovat-s-1s Можно понять, как устроены процессы обмена данными при работе с кодами маркировки и 1С. И при настройке обязательно проверьте, чтобы у вас стояла актуальная и поддерживаемая конфигурация (например, ERP, Комплексная автоматизация или УНФ).